Shiba inus pourrait être affecté par les conditions de santé et maladies suivantes (mais non limitées à), dont certaines sont héréditaires. Ce ne sont pas toutes des conditions de santé et des maladies à haut risque pour Shiba inus. Certains d'entre eux sont des maladies environnementales et peuvent donc être facilement évités en donnant à Shiba inus les soins et l'attention appropriés.