Les malinois belges pourraient être affectés par les problèmes de santé et maladies suivants (mais sans s'y limiter), dont certains sont héréditaires. Ce ne sont pas toutes des conditions de santé et des maladies à haut risque pour les malinois belges. Certaines d'entre elles sont des maladies environnementales et peuvent donc être facilement évitées en accordant aux malinois belges les soins et l'attention appropriés.