Les bergers australiens pourraient être affectés par les conditions de santé et les maladies suivantes (mais sans s'y limiter), dont certaines sont héréditaires. Ce ne sont pas toutes des conditions de santé et des maladies à haut risque pour les bergers australiens. Certaines d'entre elles sont des maladies environnementales et peuvent donc être facilement évitées en donnant aux bergers australiens les soins et l'attention appropriés.